La Identidad de Tobi

En el capítulo 364 del manga, Tobi es revelado como la persona que maneja Akatsuki, dándole ordenes a Pein (quien hasta el momento se había mostrado como líder), y se nombra a sí mismo como Madara Uchiha a la vez que muestra el sharingan en su ojo derecho. Esto parece echar por tierra toda posibilidad de que su identidad real sea Obito Uchiha, a menos que Tobi estuviera mintiendo. Aparece en otro capítulo encima de la estatua de Madara Uchiha en el Valle del Fin, lugar donde se llevó a cabo la pelea entre Naruto y Sasuke al final de la primera parte de la serie. Pein le dice a Zetsu al final de su pelea con Jiraiya que Madara le había ordenado capturar a Kyūbi, refiriéndose a Tobi.